REPOSITORY for SHARK PIPELINE

[vdorazi]

creare una repository per i SW di riduzione dati (pipeline Mesa, pipeline Carolo/Vassallo?)

[elcarolo]

Propongo Owncloud, appena Dino ha 5 min da inserire su owncloud e condividere le ultime versioni dei codici, le modifico per farle girare piu velocemente con il modulo Cython, devo controllare se funziona solo col jupyter notebook o puo' essere utilizzato anche per le versioni di conda ecc .. in base a questo decideremo anche che versione di python da installare su Oliver.
Inoltre propongo ogni volta che viene fatta una modifica al codice di aggiungere all'inizio stesso della recipe qualche riga di commento autore della modifica e data della modifica, questo per non creare confusione a chi offline modifica il codice prima di rimetterlo in rete.

[elcarolo]

Con spyder e' possibile importare cython x velocizzare il codice.
Dove e' stato deciso di mettere tutte le recipe?

[dmesa]

Daniele ha già creato qualche settimana fa una repository GitLab?.
Ho inserito nei giorni passati le recipe create per la pipeline
DBI e per la pipeline classical imaging. Anche Elena e Valentina
dovrebbero avere accesso alla repository. Daniele confermi?

[elcarolo]

[​https://gitlab.com/daniele.vassallo/sharp-sharknir-pipeline
]
dovrebbe essere questo il link, ho effettuato il login, ma vedo solo la cartella LSS ..

[dmesa]

Confermo. Le recipe sono sotto l'account denominato patch-1 (in alto a sinistra c'e'
un menu' a tendina con prima voce master e poi patch-1). Dovreste essere in grado di vedere le due directory che ho creato.

[elcarolo]

Ciao Dino come va??
se vuoi provare a vedere se le recipe si velocizzano, prova ad aggiungere a inizio codice la stringa:

import cython

OPPURE

%load_ext Cython

poi fammi sapere! :)

[elcarolo]

attenzione a cosa ho trovato!!!
che ne facciamo di questo ticket? il repository non e' piu available da quanto ho capito .. facciamo un gitLab come con gli script dell'allinemaneto delle maschere Daniele?
Dino secondo te? puo' essere cmq utile avere un repository online con il materiale?

[vdorazi]

Si assolutamente facciamo un gitlab con le recipes di dino, tutte e poi faremo uno sharing con Faustine etc.. cosi anche MPA e gli altri partner potranno condividere le pipelines

[elcarolo]

il repository si tratta semplicemnte di rianimarlo --> Vassalloooooooooooo!!
potremmo metterci anche le curve dei filtri che chiede maria nell'altro ticket (al quale non sono in cc, ma che vassallone mi ha riportato!!) :)

[vdorazi]

mi sembra un'ottima idea --> Vassalloooooo!

[dvassall]

Confemo, il repository è ancora vivo! Potremmo sfruttarlo a questo punto, anche se, come dice dino, non è più necessario che le recipe stiano qui perché le si scarica per altra via. Ma per i filtri potrebbe andare benone!

[elcarolo]

vassallo ... quando vuoi! :D